func_foo = (e) => {
    const scroll_y = window.scrollY;
    if(scroll_y >= 1000){
        button_elem.classList.add('is-in');
    }
    else{
        button_elem.classList.remove('is-in');
    }
}

document.addEventListener('scroll', func_foo, false);

CSSでbutton_elemに、.is-inが付いた時のアニメーションを記述すると完成